2012年度税制改正において、認定長期優良住宅（長期優良住宅の普及促進法に規定する家屋で一定のもの）の新築等をした場合の所得税額の特別控除について、税額控除限度額を50万円（改正前：100万円）に引き下げた上で、その適用期限が2013年12月31日（同2011年12月31日）まで２年延長された。この改正は、居住者が、2012年１月１日以後に認定長期優良住宅を居住の用に供する場合において適用される。
同特別控除は、居住者が、認定長期優良住宅に該当する家屋で一定のものの新築等をし、居住の用に供した場合（その新築等の日から６ヵ月以内にその者の居住の用に供した場合に限る）、その者の居住日の属する年分の所得税額から、認定長期優良住宅に講じられた構造・設備の“標準的な費用の額”の10％相当額を控除できるもの。ローン控除と違って、こちらは即金で居住用財産を購入した場合のいわば補助といえる。
通常の住宅よりも上乗せして必要となる費用（いわゆる「かかり増し費用」）の10％相当額をその年分の所得税額から控除できるが、2012年度改正で、「かかり増し費用」が500万円（改正前：1000万円）に縮減された結果、税額控除限度額も最高100万円から「最高50万円」に半減した。なお、控除しきれない金額がある場合は、翌年分の所得税額から控除できるが、翌年の控除（控除未済税額控除額）は、翌年の所得税額が限度となる。
上記の“標準的な費用の額”は、構造ごとに住宅モデルを設定（仕様・規模・金額等）し、長期優良住宅の認定となる耐久性、耐震性、省エネ性能、可変性、更新の容易性等の項目ごとにその基準に適合するために必要となる性能強化費用（戸当たりかかり増し費用）を算出、その住宅の標準的な費用の額は、「１平方メートル当たりの標準的なかかり増し費用×適用対象住宅の床面積」で算定する。
なお、標準的なかかり増し費用は、木造３万3000円／平方メートル、鉄骨鉄筋コンクリート造３万6300円／平方メートル、鉄筋コンクリート造３万3000円／平方メートル、鉄骨造３万3000円／平方メートル。これらの標準化されたかかり増し費用を用いて算出することから、必要以上に高額な材料を使用したとしても、税額控除の対象となるかかり増し費用の金額には全く影響を与えない。