2012年度税制改正において、源泉徴収義務者が給与所得者等から提出を受けた源泉徴収関係書類の保管・提出について、法令に規定することとされた。そして、提出を受けた申告書等は、その提出期限の属する年の翌年１月10日の翌日から７年間保管することとされた。また、税務署長がその申告書の提出を求めたときは、その給与等の支払者等はその申告書等を税務署長に提出することとなる。
給与等の支払者等が保管する申告書は７種類。それは、(1)給与所得者の扶養控除等申告書、(2)従たる給与についての扶養控除等申告書、(3)給与所得者の配偶者特別控除申告書、(4)給与所得者の保険料控除申告書、(5)退職所得の受給に関する申告書、(6)公的年金等の受給者の扶養親族等申告書、(7)給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書である。来年１月１日以後に提出すべき申告書等に適用される。
一方、金融機関の営業所等の長も、財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申告書等の提出を受けたとき、その申告書等をその契約終了の日の属する年の１月１日から５年間保管することとされた。また、税務署長がその申告書等の提出を求めたときは、その金融機関の営業所等の長等はその申告書等を税務署長に提出する。来年１月１日以後に提出すべき申告書等について適用される。地方税も同様である。
金融機関の営業所等の長が保管する申告書等は、「財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申告書」、「同限度額変更申告書」、「同貯蓄に関する異動申告書」、「同貯蓄の勤務先異動申告書」、「転職者等の財産形成非課税住宅（年金）貯蓄継続適用申告書」、「海外転勤者の（特別）国内勤務申告書」、「国外公社債等の利子等の源泉徴収不適用申告書」（金融機関等が提出するものに限る）など、全12種類となっている。