郡、区、市町村内の町など行政区画の名称変更による地番の変更に伴う登記の場合、その登記については登録免許税を課さないこととされている。日本国内には、まだ「山50番」、「耕50番」などの地番が存在し、登記簿上はいずれも「50番」と記録され、いわゆる二重地番となっているケースがある。そこで、法務省からの照会に対し、登記官が職権で行う登記に係る登録免許税は非課税である旨国税庁が回答している。
行政区画等の変更に伴って地番を変更する場合に、登記官が職権によって土地の表示に関する登記事項である地番の変更の登記を行う。そして、登記官が職権で行政区画等の変更による地番の変更の登記を行ったことに伴い、土地の登記簿上の登記名義人（所有者）の住所に変更が生ずる場合には、土地名義人は、住所の変更の登記をする必要がある。
この住所変更の登記については、登録免許税は課されないこととされており、この規定は、この場合の住所の変更の登記は、そもそも、行政区画等が変更されたことに伴い登記官が職権によって地番の変更を行ったという事情、すなわち登記名義人（所有者）の関知しない公的な事情に基因して行われることから、登録免許税を課することは適当ではないということを考慮して設けられたものであると考えられる。
照会の場合における二重地番の解消を目的とした地番の変更に伴う商業・法人登記における登記事項の変更の登記についても、登記名義人（所有者）の関知しない公的な事情に基因して行われるものであることからすれば、上記の行政区画等の変更による地番の変更に伴う登記事項の変更の登記の場合と同様の考慮をすることが相当であると考えられるとし、国税庁もこれを認めている。
同文書回答は↓
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/bunshokaito/sonota/120322/02.htm#besshi01