免税事業者が新たに課税事業者となる場合は、消費税額の調整を行う。課税事業者となる日の前日において所有する棚卸資産のうちに、納税義務が免除されていた期間に仕入れた棚卸資産がある場合は、その棚卸資産に係る消費税額を課税事業者になった課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額とみなして仕入税額控除の対象とする。
直前の課税期間まで免税事業者であったが、期首棚卸資産に係る仕入控除税額の調整を行っていないケースがある。免税事業者が課税事業者となる場合、課税事業者となる課税期間の直前の課税期間における期末棚卸資産（免税事業者であった課税期間中に課税仕入れ等を行ったものに限る）に係る消費税額については、課税事業者となる課税期間における課税仕入れ等の税額に加算する必要がある。
加算対象となる棚卸資産は、商品、製品、半製品、仕掛品、原材料、貯蔵中の消耗品等で、現に所有しているものをいう。一方、課税事業者が免税事業者になる場合は、免税事業者となる日の前日において所有する棚卸資産のうちに、課税事業者であった期間において仕入れた棚卸資産がある場合は、その棚卸資産に係る消費税額を免税事業者になる直前の課税期間の仕入れに係る消費税額の計算の基礎となる課税仕入れ等の税額から控除する。
課税事業者が翌課税期間に免税事業者となる場合に、期末棚卸資産に係る仕入税額控除の調整を行っていないケースがある。免税事業者となる課税期間の直前の課税期間における期末棚卸資産（その直前の課税期間中に課税仕入れ等を行ったものに限る）に係る消費税額については、その直前の課税期間における課税仕入れ等の税額から控除する。ただし、その直前の課税期間に簡易課税制度の適用を受ける事業者は、この調整を行う必要はない。