消費税の仕入控除税額は、一般課税の場合、課税売上割合が95％未満の場合には、課税仕入れ等の税額を全額控除することは認められず、個別対応方式または一括比例配分方式によって仕入控除税額を計算する。また、2012年４月１日以後に開始する課税期間においては、当課税期間における課税売上高が５億円超または課税売上割合が95％未満の場合となるので注意が必要だ。
簡易課税制度は、事前に「消費税簡易課税制度選択届出書」が提出されており、当課税期間の基準期間における課税売上高が5000万円以下である場合に適用することができる。 ところで、課税仕入れ関係で誤りやすい事例をみると、事業用土地を譲渡したが、その対価の額を課税売上割合の分母の金額に含めていないケースがある。土地の譲渡の対価の額は非課税売上となることから、課税売上割合の計算上、分母の金額に含める必要がある。
また、課税仕入れに係る税額の計算で、課税仕入れに係る支払い対価の額（税込み）に105分の５を乗じて計算している例がみられるが、これでいいのだろうか？ 消費税の税率は５％だが、国税の消費税率が４％、地方消費税の１％相当を含めると５％ということになる。つまり、課税仕入れに係る支払対価の額（税込み）に105分の４を乗じて計算することになる。このへんが間違いやすいので要注意だ。
さらに、一般課税の申告に当たり、所得税の決算書等の経費科目ごとに一括して課否判定を行い、仕入控除税額の計算をしている例も見受けられる。こうした場合、例えば、接待交際費、雑費等のなかに、商品券やビール券、収入印紙の購入代金など、課税仕入れに該当しないものが含まれている場合には、それらを除いて計算する必要があるので十分に注意したい。
そのほか、事業と家事に共用する減価償却資産を取得しているが、その取得価額の全額を課税仕入れに係る支払対価の額としているケースだ。家事共用資産を取得した場合、その家事使用に係る部分は、課税仕入れに該当しない。この場合、その資産の取得に係る課税仕入れに係る支払対価の額は、その資産の使用率、使用面積割合等の合理的な基準により計算しなければならない。