住宅耐震改修特別控除と住宅借入金等特別控除は、各要件に該当する場合には、重複して適用することができる。自ら所有する家屋の増改築と併せて耐震改修をしているような場合は、どちらかの選択適用と思いがちだが、いずれも適用が可能だ。また、耐震改修後に転勤などで12月まで引き続き居住できなくなった場合でも、住宅耐震改修特別控除を適用することができる。
住宅耐震改修特別控除額の計算においては、交付された補助金等の額を控除することなく、住宅耐震改修に要した費用の額とその住宅耐震改修に係る耐震工事の標準的な費用の額とのいずれか少ない金額の10％に相当する金額（20万円を限度）が控除額となる（2006年４月１日から2008年12月31日に住宅耐震改修を行った場合の計算においては、その耐震改修に要した費用の10％が控除額（20万円を限度）となる）。
また、2011年６月29日以前に住宅耐震改修に係る契約をした場合は、住宅耐震改修特別控除の適用に当たって、地方公共団体から住宅の耐震改修の費用に充てるために交付された補助金等をその耐震改修のために要した費用の額から差し引く必要はなかったが、同年６月30日以降に住宅耐震改修に係る契約をして、その住宅耐震改修工事の費用に関し補助金等の交付を受ける場合には、その補助金等の額を控除することになるので要注意。
一方、家屋に居住している所有者以外の人が耐震改修を行った場合、控除は受けられるのだろうか。租税特別措置法41の19の２では、「居住者が、その居住の用に供する一定の家屋の耐震工事を行った場合」と規定されており、住宅借入金等特別控除のように「自己の所有している家屋」という要件は付されていない。したがって、その家屋を居住の用に供する居住者であれば、家屋の所有者でなくとも要件を満たせば適用が受けられる。