2011年度の税制改正に伴い、国税庁は2011年分確定申告で使用する「(特定増改築等)住宅借入金等特別控除額の計算明細書」の改訂を行うとともに、「(付表1)補助金等の交付を受ける場合または住宅取得等資金の贈与の特例を受けた場合の取得対価の額等の計算明細書」を新設した。これに合わせ、2011年６月30日以後に住宅の取得等に係る契約を締結し、その住宅の取得等に関し交付を受ける補助金等に係る改正のポイントを公表した。
まず「住宅借入金等特別控除」関係では、住宅借入金等特別控除の対象となる住宅借入金等の金額は、家屋の新築、購入または増改築等（住宅の取得等）の対価の額または費用の額と住宅借入金等の年末残高の合計額とのいずれか少ない金額となるが、この場合の住宅の取得等の対価の額または費用の額は、交付を受ける補助金等の額を控除した金額とすることとされた。
増改築等の費用に関し補助金等の交付を受ける場合は、その増改築等に要した費用の額からその補助金等の額を控除した上で、100万円を超えるかどうかの判定を行う。また、増改築等に係る省エネ要件の緩和措置が2012年12月31日まで延長された。住宅の取得等に関し補助金等の交付を受ける場合や住宅取得等資金の贈与の特例の適用を受けた場合は、補助金等の額または住宅取得等資金の額を証する書類やその写しの添付が必要となる。
「特定増改築等住宅借入金等特別控除」における住宅の増改築等に要した費用の額は、交付を受ける補助金等の額を控除した金額とする。また、 高齢者等居住改修工事等に係る特定増改築等住宅借入金等特別控除において、特定断熱改修工事等の費用に関し補助金等の交付を受ける場合は、その費用の額から、その補助金等の額を控除した上で、30万円を超えるかどうかの判定及び控除額の計算を行うこととされた。
断熱改修工事等に係る特定増改築等住宅借入金等特別控除において、特定断熱改修工事等または断熱改修工事等を含む増改築等の費用に関し補助金等の交付を受ける場合は、その特定断熱改修工事等や断熱改修工事等に要した費用の額から、その補助金等の額を控除した上で、30万円を超えるかどうかの判定及び控除額の計算を行う。断熱改修工事等に係る省エネ要件の緩和措置が2012年12月31日まで延長されている。