2011年度税制改正により、自動車など交通用具で通勤する給与所得者が2012年１月１日以後に受ける通勤手当から非課税限度額が縮小されている。具体的には、通勤距離が片道15キロメートル以上の通勤者へ支給する通勤手当の非課税限度額のうち、通勤距離に応じた一定額の上乗せ部分が廃止された。大都市圏内でもマイカー通勤者は少なくないが、マイカー通勤者が多い地方企業の経理担当者は、特に課税所得の計算ミスに注意したい。
通勤手当に対する課税については、自転車や自動車などの交通用具を使用する者に支給する通勤手当は、通勤距離により規定しており、片道２キロ未満は全額課税、２キロ以上からは６段階に分け１ヵ月当たり4100円～２万4500円の非課税限度額が設けられている。このうち片道15キロ以上については、昨年まで運賃相当額がその非課税限度額を超える場合にはその運賃相当額（最高限度10万円）までを非課税とする措置があった。
しかし、2011年度改正では、片道15キロ以上25キロ未満は１万1300円、同25キロ以上35キロ未満は１万6100円、同35キロ以上45キロ未満は２万900円、同45キロ以上は２万4500円を非課税限度額とした。片道15キロ未満の場合は、片道２キロ以上10キロ以下は4100円、10キロ以上15キロ未満は6500円で従来と変わらない。これらの非課税限度額を超える運賃相当額を超える通勤手当を支払った場合は、差額分が課税対象となる。
例えば、片道20キロをマイカー通勤しているサラリーマンが、最寄駅から会社まで電車で通勤していた場合の運賃相当額３万円の通勤手当を支払っていた場合、従来は全額非課税だったが、今年１月からは、片道の通勤距離の非課税限度額は１万1300円であることから、これを超える１万8700円は給与所得として源泉徴収する必要がある。最近は自転車通勤者も増えているようだが、自転車通勤者に対しても非課税限度は同様となる。