文部科学省が2012年度税制改正で要望していた、特例民法法人から、一般社団・財団法人に移行した法人が設置する図書館・博物館・幼稚園について、固定資産税、都市計画税、不動産取得税について、遊休財産を多額に持たないなど財務面からの一定の基準（使途が定まっていない財産で１年分の公益目的事業費の相当額）を満たす法人で、年間収入額が5000万円以下の場合の非課税措置が認められた。
また、(1)重要有形民俗文化財の国への譲渡に係る特例措置（１／２課税）について、譲渡対象への地方公共団体の追加と２年延長措置、(2)子ども・子育て新システムに基づく給付について、所得税の非課税措置等（内閣府、厚生労働省との共同要望）、(3)研究開発税制の上乗せ措置（試験研究費を増額した場合や試験研究費が高水準な場合の優遇措置）の２年延長（経済産業省等との共同要望）も大綱に盛り込まれた。
一方、同省が力を注いでいた「市民公益税制」については、導入が見送られた。まず寄附税制について、寄附文化醸成にも資するよう、必要に応じて見直しを検討。また、税額控除の対象となる法人について、「新しい公共」を推進する観点から、どのような法人が対象に馴染むのか、他の寄附税制との整合性を踏まえ、税額控除の導入の効果検証を行った上で、対象法人の見直しを検討することとされた。
さらに、学校法人等への税額控除の要件（ＰＳＴ要件）の見直しについて、どの程度の数の法人が税額控除の対象となっているかの実績や、要件を満たすことができない法人の状況等を検証し、各法人の規模や特性を踏まえて検討することとされた。寄附金控除の年末調整対象化についても、源泉徴収義務者の負担や不正行為防止の必要性を踏まえ、引き続き実務的・技術的な観点から実施可能であるかどうか検討する。
この件の詳細は↓
http://www.mext.go.jp/a_menu/kaikei/zeisei/__icsFiles/afieldfile/2011/12/13/1314208_01_2.pdf