農林水産省は、2012年度税制改正要望として、(1)農業経営の安定化、(2)農林水産関連産業の振興、(3)農山漁村の活性化・環境対策の推進、(4)森林・林業施策の推進、(5)水産施策の推進、の５項目を掲げ、その実現を求めている。また、旧自作農創設特別措置法等の規定に基づく売渡し等に係る土地の所有権の移転登記等の非課税措置、廃棄物再生処理設備の固定資産税の課税標準の特例は廃止としている。
農業経営の安定化では、農地に係る贈与税の納税猶予を適用している場合の貸付けの特例等の創設（贈与税・不動産取得税）、石油石炭税の上乗せ税率についての農林漁業用等の軽油の免税・還付措置の創設、農林漁業の６次産業化を促進するための特例措置の創設（所得税・法人税）などの新規項目を要求。農林漁業者等の軽油引取税の課税の特例（１キロリットル当たり３万2100円免除）の恒久化を要望している。
農林水産関連産業の振興では、「農林漁業有機物資源のバイオ燃料の原材料としての利用の促進関する法律」に基づきバイオ燃料製造設備を新設した場合の課税標準の特例措置（３年間２分の１控除）の２年延長（固定資産税）、公害防止関連施設（汚水等処理施設）の課税標準の特例（３分の１控除）の２年延長（固定資産税）のほか、金融所得課税に係る損益通産の範囲拡大等に向けた措置を、経産省等３省庁共管で要望している。
このほか、試験研究を行った場合の税額の特別控除（増加型又は高水準化）の恒久化（所得税・法人税、経産省等６省庁共管）、事業所税の課税標準の特例措置（製材業を営む者等がその事業の用に供する木材保管施設）の拡充、林業経営の継続を確保するための納税猶予制度の創設（相続税・贈与税）、「森林施業計画」の名称を「森林経営計画」に改める森林法の一部改正に伴う所要の措置、などを要望している。
農水省の2012年度税制改正要望は↓
http://www.maff.go.jp/j/press/keiei/tyosei/pdf/110930_13-02.pdf