「消費税課税事業者選択届出書（免税事業者が課税事業者を選択する場合）」、「消費税課税事業者選択不適用届出書」（免税事業者に戻る場合）、「消費税簡易課税制度選択届出書」（簡易課税を選択する場合）、「消費税簡易課税制度選択不適用届出書」（簡易課税をやめる場合）の届出書の効力は、提出日の翌課税期間中から生ずる。そして、「課税事業者選択届出書」、「簡易課税制度選択届出書」は、選択後２年間は継続適用が要件とされる。
しかし、上記届出書を提出しようとする事業者において、「やむを得ない事情」があり、提出期限までに提出できなかった場合には、税務署長の承認により、その提出期限までに提出があったものとみなされる。やむを得ない事情とは、震災、風水害、雪害、凍害、落雷、雪崩、がけ崩れ、地滑り、火山の噴火等の天災その他人的災害、その課税期間の末日前おおむね１月以内に相続があり、相続人が事業者になった場合などが例示されている。
６月30日に公布された震災特例法により、各種届出書を「指定日」までに納税地の所轄税務署長に提出したときは、その届出書を本来の提出時期までに提出したものとみなすこととされた。特に、「消費税課税事業者選択届出書」と「消費税簡易課税制度選択届出書」については、２年間の継続適用要件等は適用されないこととなった。この場合、届出書の参考事項欄または余白に「東日本大震災の被災事業者である」旨の記載を忘れずに。
この継続要件の免除は、被災事業者には朗報となる。免税事業者が被災し、事業用設備の取得や修繕を行った場合に支払った消費税は、免税事業者である限り還付されない。そこで、「課税事業者選択届出書」を提出することで、翌課税期間において消費税の還付が受けられる。還付を受けた後に「課税事業者選択不適用届出書」を提出することによって、翌課税期間には免税事業者に戻ることができるのである。