2011年度税制改正案では、地方税に関する総務省が行う調査手続について、国税の見直しと併せて所要の措置が講じられる。調査の事前通知、調査終了時の手続は、地域主権改革の観点に立つべきこと及び地方税の課税団体が多数にのぼり、規模も様々なことなどを踏まえ、全地方自治体に同様の対応を一律に義務付けるのではなく、各地方自治体で適切に対応できるよう、国税の取扱いについて情報提供を十分に行うとしている。
まず、更正の請求について、納税者の救済と課税のバランス、制度の簡素化の観点から、納税者が申告税額の減額を求めることができる期間を延長し、基本的に納税者による修正申告・更正の請求、課税庁による増額更正・減額更正の期間を全て一致させる。例えば、納税者が「更正の請求」を行うことができる期間が５年（改正前１年）に、課税庁が増額更正できる期間も５年（改正前３年）となる。
また、例外規定として設けられている、脱税の場合の課税庁による増額更正期間については、改正前と同様７年とされる。さらに、内容虚偽の罰則規定が設けられる。故意に内容虚偽の更正の請求書を提出した場合に処罰する規定を設けることとし、法定刑は、１年以下の懲役または50万円以下の罰金となる。そのほか、国税の見直しと併せる改正が行われる予定となっている。
理由附記関係では、総務大臣が行う処分に関する手続については、国税の見直しと併せて所要の措置を講じ、地方自治体が行う処分に関する手続では、全地方自治体に同様の対応を一律に義務付けるのではなく、各地方自治体で適切に対応することができるよう、国税における取扱いについて情報提供を十分に行う。また、国税の「納税者権利憲章」の策定を踏まえ、国税における取扱いについて情報提供を十分行うとしている。