東日本大震災に伴う地方税法の一部を改正する法律により、自動車税取得税の非課税措置及び自動車税・軽自動車税の非課税措置が講じられている。それによると、今回の震災により、賦課期日（４月１日）までに自動車・軽自動車等が滅失してしまった場合は、自動車税・軽自動車税については課税客体から除外され、課税できない。総務省では各地方団体に、賦課期日現在の確実な状況把握、納期限の延長等適切な対応を求めている。
自動車取得税の非課税措置では、被災自動車及び代替自動車がともに、自動車取得税の課税客体たる自動車（普通自動車、小型自動車（３輪以上））及び軽自動車（３輪以上）の場合に非課税とされる。しかし、被災自動車と代替自動車の間で、営業用から自家用、あるいは自家用から営業用に変更が行われる場合には、代替性が認めがたいことから、非課税措置の対象外となるので注意が必要だ。
また、自動車税及び軽自動車税の非課税措置についても、自動車取得税の非課税措置の対象となる車については、自動車税、軽自動車税ともに非課税とされる。これに加え、被災自動車及び代替自動車がともに、(1)２輪・原動機付自転車の場合、(2)小型特殊自動車の場合は、４輪、３輪の場合に非課税の対象となることとの並びから、軽自動車税について非課税の対象となる。
被災自動車の所有者と代替自動車の所有者は必ずしも一致する必要はなく、被災自動車の相続人（相続人の相続人も含む）が代替自動車を取得する場合や、法人が被災自動車の所有者であってその法人の新設合併法人・吸収合併存続法人等が代替自動車を取得する場合も非課税措置の対象となる。なお、代替自動車の主たる定置場が、東日本大震災の被害を受けた地方団体以外であっても、非課税措置の適用は受けられる。