東日本大震災は、各地で市町村役場等も壊滅的な被害を受け、戸籍や住民票などの住民に関するデータも損壊するなど大規模かつ広範囲に甚大な被害を及ぼし、国内史上最大の災害規模となっているが、日本税理士会連合会（池田隼啓会長）と日本税理士政治連盟（山川巽会長）は、東日本大震災で電子証明書を紛失等し、再発行する場合における本人確認書類の取扱いの弾力化について、海江田万里経済産業大臣に緊急要望書を提出した。
３月11 日に発生した東日本大震災は、死者・行方不明者合わせて約３万人に達し、各地で地方公共団体等も壊滅的な被害を受けた。この場合、電子証明書の発行はもちろん、再発行を希望する者（利用申込者）でも、電子署名及び認証業務に関する法律施行規則第５条では、利用申込者に対し住民票の写し、戸籍謄本若しくは抄本、印鑑登録証明書等の提出により当該利用申込者の真偽の確認を行う旨規定されている。
しかし、今回の震災による市町村役場の被災により、利用申込者の真偽を確認するための書類の交付が受けられないという状況となった地区も多数にのぼっている。このような地区に居住する利用申込者は、電子証明書の発行に係る書類（住民票の写し、戸籍謄本若しくは抄本、印鑑登録証明書等）を準備できず、電子証明書の発行申請ができないという事例が発生している。
このため、日税連及び日税政は４月21日付で、各会長連名による「電子証明書の発行申請に係る本人確認に関する緊急要望書」を海江田経産相に提出、「被災地の復興には利用申込者の逸早い活動復帰が望まれることから、市町村役場の被災により利用申込者の真偽を確認するための書類の交付が受けられない者について電子証明書が発行できるよう特別のご配慮方お願いしたい」と要望している。