東日本大震災による津波で、東北３県を中心に自動車が滅失・損壊し、大きな損害をもたらした。19日に国会に提出した被災者等支援の臨時特例法律案要綱によると、国税では、被災自動車に係る自動車重量税の還付措置として、2013年３月31日までの間、すでに納付された自動車重量税のうち、2011年３月11日から自動車検査証に記載された有効期間の満了する日までの期間に相当する金額を還付することとされる。
還付を受けようとする被災自動車の所有者は、還付申請書を国土交通大臣等を経由して、所轄税務署長に提出することで還付が受けられる。また、被災自動車の使用者であった者が、2011年３月11日から2014年４月30日までの間に検査自動車を取得して自動車検査証の交付等（2011年３月11日以後最初に受けるものに限る）を受ける場合に、その自動車検査証の交付等に係る自動車重量税が免除される。
一方、地方税では、震災により滅失・損壊した被災自動車の所有者等が、その被災自動車に代わるものと都道府県知事が認める自動車を2011 年３月11 日から2014年３月31 日までの間に取得した場合には、自動車取得税が免除される。また、被災自動車の所有者等が、その被災自動車に代わるものと都道府県知事が認める自動車を取得した場合には、その自動車に対して、2011年度から2013度までの各年度分の自動車税を課さない。
さらに、次の軽自動車等には、2011 年度から2013年度までの各年度分の軽自動車税を課さない。(1)被災自動車の所有者等が、その被災自動車に代わるものと市町村長が認める３輪以上の軽自動車を取得した場合、(2)原動機付自転車、２輪の軽自動車及び２輪の小型自動車であって、その被災２輪自動車等に代わるものと市町村長が認める２輪自動車等を取得した場合、(3)同小型特殊自動車を取得した場合。