更正に基づく法人税の中間納付額及び所得税額等、消費税の中間納付額及び仕入税額控除額、所得税の予定納税額及び源泉所得税額等の還付に係る還付加算金の計算期間が、確定申告書の提出期限の翌日から更正の日の翌日以後１月を経過する日（その更正が更正の請求の日の翌日以後３月を経過する日とその更正の日の翌日１月を経過する日とのいずれか早い日）までの日数は、2012年１月1日からその計算期間に算入されない。
会計検査院による財務大臣に対する意見表示で、確定申告により確定した法人税及び消費税が、更正に基づき中間納付等の還付金として還付される場合の還付加算金について、申告納税額の過誤納金に係る還付加算金の計算期間との均衡を考慮した適切なものとすべきとの指摘を受け、還付加算金の計算期間における法人税及び消費税による起算日と国税通則法による起算日について、適用法律における均衡が図られることとなったもの。
国通則法は、法人税その他の国税を還付する場合には、国税通則法等の規定により、還付することとなった国税の納付の日など所定の日の翌日（起算日）から還付金または過誤納金の支払決定までの期間に応じて、還付金等の額に年率7.3％の割合を乗じて算出した還付加算金を付して還付することとされ、法人税の中間納付分の還付加算金の場合、中間納付の翌日から支払決定の日までの期間について還付加算金が生じていた。
この改正は、2012年１月１日以後に支払決定または充当をする国税（その滞納処分費を含む）に係る還付金に加算すべき金額について適用されるが、その加算すべき金額の全部または一部で同日前の期間に対応するものの計算については、なお、従前の例による。ただし、これは2011年度税制改正で手当される予定で、つなぎ法案は年度内成立したものの、同改正案については現在審議中なので注意が必要だ。