半分を居住用家屋、残り半分を月極駐車場としていた宅地を譲渡し、譲受法人が措置法第31条「優良住宅地の造成等のために土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特例」該当の建築物を建築した場合、居住用部分に「居住用財産を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例」及び措置法第35条「居住用財産の譲渡所得の特別控除」を、非居住部分に措置法第31条の特例が適用されるかとの照会に、名古屋国税局は、適用できる旨回答した。
措置法第31条の２の特例は、個人が譲渡した年の１月１日現在の所有期間５年超の土地等を優良住宅地等または確定優良住宅地等予定地のために譲渡した場合に、長期譲渡所得の税率が軽減されるが、措置法第31条の３の特例との重複適用を排除し、措置法第31条の２第４項においても、措置法第35条の特例との重複適用を排除するなど、それぞれ重複適用はできないこととされている。
しかし、居住用財産の譲渡所得の特例の対象となるのは居住用財産で、譲渡した土地建物等に居住用部分と非居住用部分とがある場合、非居住用部分は同特例の適用対象とはならず、譲渡した土地等に居住用部分と非居住用部分とがある場合、措置法第31条の２の特例の対象から除かれる第１項かっこ書の「次条の規定の適用を受けるもの」とは、措置法第31条の３の特例の適用を受ける居住用部分で非居住用部分は該当しないと考えられる。
このため、個人が措置法第35条の規定の適用を受けるときは、その土地等の譲渡は、措置法第31条の２の特例の譲渡に該当しないものとみなすと規定していることから、措置法第35条の規定の適用を受けない土地等（非居住用部分）の譲渡は、重複適用を排除する措置法第31条の２第４項の規定は適用されず、居住用部分について居住用財産の譲渡所得の特例の適用、非居住用部分について措置法第31条の２の特例が適用できるとした。
同文書回答の全文は↓
http://www.nta.go.jp/nagoya/shiraberu/bunshokaito/joto-sanrin/110303/index.htm