東日本巨大地震の発生に伴い、国税では申告期限等の延長や所得税の減免措置が公表されたが、総務省も14日、「2011年東北地方太平洋沖地震による被災者に対する地方税、使用料、手数料等の減免措置等について」、15日、「2011年東北地方太平洋沖地震により被災した国民健康保険被保険者に係る国民健康保険税の取扱いについて」と題した事務連絡等を都道府県へ相次いで行い、各市区町村へ周知及び連絡・指導を図るよう求めた。
前者では、地方税に係る期限の延長及び使用料、手数料等に係る履行期限の延長、地方税、使用料、手数料等に係る徴収猶予及び減免の措置について、これらの徴収根拠となる法律、政令、条例等の規定に基づき、適切な運営を図ることを要請。なお、法律等に使用料等の減免等に関する規定がない場合で災害による損害が著しいなど特に必要性が高いときには、徴収猶予は履行期限の延長、減免は債権の放棄によることを通知している。
また、東日本巨大地震による災害については、激甚災害に対処するための特別の財政援助に関する法律に規定する激甚災害として指定されたところだが、これに伴い、災害対策基本法に基づき、この激甚災害のために減免した地方税、使用料、手数料等の今年度の減収分については、歳入欠かん債の発行が可能となっていること、来年度の減収額についても同様の取扱いを行うことも合わせて連絡している。
一方、国民健康保険税の取扱いについては、(1)地方税法に基づき、市町村長の判断により、徴収猶予、納期限の延長及び減免を行うことができることとなっているので、被害状況に応じて適切な措置を講じること、(2)国民健康保険税を特別徴収の方法により納付している納税義務者から(1)の納期限の延長等に係る申請があった場合は、地方税法施行規則の規定に基づき、普通徴収の方法による納付への変更が可能であること、を通知。
さらに、(3)国民健康保険税の減免については、被災被保険者に対して周知徹底に努めること、(4)被災被保険者に係る国民健康保険税の減免額に基づく特別調整交付金の交付については、別途厚生労働省から連絡されている「2011年東北地方太平洋沖地震により被災した国民健康保険被保険者に係る国民健康保険料及び一部負担金の取扱いについて」を参照して対処すること、などを通知している。