青色申告書を提出する個人や法人で、医療保険業を営む人が、減価償却資産で事業の用に供されたことのないもの（医療用機器等）を取得し、または製作して、医療保険業の用に供した場合に、通常の減価償却に加えて、その医療機器を特別償却できるのが医療用機器の特別償却制度。医療用機器等の特別償却制度には「医療用の機械、装置及び器具、備品」と「医療の安全の確保に資する機械、装置及び器具、備品」の２種類ある。
特別償却は、高度・先進医療の提供に資する医療用機器が14％、医療の安全の確保に資する医療用機器が20％、新型インフルエンザ対策に資する医療用機器が20％で、所得税についても同様の制度がある。2011年度税制改正で、適用期限が2013年３月31日まで２年間延長されるとともに、対象機器及び特別償却率の見直しの見直しが行われる予定で、「つなぎ法案」に含まれている。減収規模は2010年度予算ベースで約169億円。
見直し内容は、「高度・先進医療の提供に資する医療用機器」の対象から心電図及び顕微鏡を除外し特別償却率を12％に、「医療の安全の確保に資する医療用機器」の生体情報モニター連動ナースコール制御機、注射薬自動払出機、医療情報読取照合装置及び特殊寝台を除外し特別償却率を16％に引き下げる。また、「新型インフルエンザ対策に資する医療用機器」は、特定増改築施設に係る措置及び建替え病院用建物に係る措置が除外される。
事業者が施行日以後に取得等をする医療用機器について適用。なお、具体的な対象物件は、例えば「高度・先進医療の提供に資する医療用機器」では、高度な医療の提供に資するものまたは承認を受けてから２年以内のもので、取得の場合、１台または１基の取得価額が500万円以上のものが要件。リースの場合は適用がない。また、「医療の安全の確保に資する医療用機器」では、取得制限なし。こちらもリースの適用はない。