「中小企業会計割引制度」は、「中小企業の会計に関する指針」（中小指針）に準拠して作成される中小企業の計算書類について、税理士等（税理士、税理士法人、公認会計士または監査法人）が準拠している旨を確認するチェックリストが提出された場合に、信用保証協会の保証料率が0.1%割引されるが、チェックリストの虚偽記載が散見されることから、本年４月１日以降終了する事業年度の計算書類から厳格化が図られることになった。
2006年４月に創設された会計割引制度は、チェックリストの添付によって認められ、2007年４月の見直しで、チェックリスト中の15項目のうち１項目以上の準拠によって認められることとされていた。2009年度の利用実績は約27万件（全保証承諾件数の約30%）だが、信用保証協会の審査の現場から、事実と異なる記載のあるチェックリストや規則的な減価償却、貸倒引当金の計上等の重要項目がチェックされていないリスト等が散見された。
このため、チェックリストの全15項目に、全て中小指針に準拠していること（「ＹＥＳ」に「○」）、また、「ＹＥＳ」に「○」が付されていても、事実と異なる記載が認められると保証協会が判断する場合は、割引制度の適用を認めないこととなった。さらに、事実と異なる記載と保証協会が認めるチェックリストが複数回にわたり同一の税理士等から提出された場合は、保証協会の判断で、割引制度の利用を１年間認めないこととされた。
さらに、各保証協会は、会計割引制度の利用を認めないこととされた税理士等の名称等について、各保証協会から所属税理士会または所属する日本公認会計士協会地域会に通知するとともに、この通知を保証協会連合会にも行い、情報を共有する。運用の変更は、2011年４月１日以降に終了する事業年度の計算書類から適用されるが、今後、運用状況を定期的に確認し政策的必要性を含めた見直しを行うこととしている。