国税庁が発表した2009事務年度における公益法人等の課税事績によると、公益法人等に対する実地調査は、今年６月までの１年間に1361件（前年度比4.1％増）に対して行われ、うち922件（同6.8％増）から前年度に比べ13.6％増の総額185億6300万円の申告漏れ所得が把握され、本税額12億9500万円（同29.8％減）が追徴された。調査１件あたりの申告漏れ所得は1364万円（同9.2％増）となる。
仮装、隠ぺいによる不正計算があったものは68件で、不正発見割合は5.0％、不正脱漏所得金額は２億8300万円、１件あたりの不正脱漏所得は416万円だった。調査状況を組織区分別にみると、不正発見割合は「宗教法人」（7.1％）、「学校法人」（4.9％）が高く、また、調査１件あたりの申告漏れ所得金額は「学校法人」（2225万円）、不正申告１件あたりの不正脱漏所得金額では「社会福祉法人」（839万円）がそれぞれもっとも多い。
公益法人等については、税の優遇措置が設けられており、社会的関心も高いことなどから、国税庁では、事業規模が大きいなど調査必要度が高い法人を中心に、的確かつ効率的な調査に取り組んでいる。その結果、事業規模が大きい法人に対する調査件数は591件となっており、実地調査件数1361件全体の約43％を占め、収益事業に係る収入計上漏れなど、申告漏れ所得金額は135億円となっている。
調査事例をみると、書籍に販売による収入を除外していた学校法人のケースがある。同法人について調査を実施したところ、書籍の販売により得た現金収入を除外し、除外した現金は事務所内の金庫に現金管理されていたほか、理事長の個人的な費用に充てられていた。
なお、2009事務年度における公益法人等の法人税の処理件数は、前年度から0.4％増とほぼ横ばいの３万3123件だった。内訳は、「宗教法人」が１万3021件（前年度比0.1％増）、「財団・社団法人」が１万1153件（同1.4％減）、「社会福祉法人」が1503件（同6.6％増）、「学校法人」が2094件（同1.9％増）など。また、給与所得の源泉徴収義務者は、「宗教法人」５万913件など、前年度比0.8％増の16万525件だった。