近年の所得税調査の特徴は、高額・悪質と見込まれるものを優先して深度ある調査（特別調査・一般調査）を重点的・集中的に行い、一方で実地調査までには至らないものは電話や来署依頼による“簡易な接触”で済ます調査方針にある。2009事務年度の調査でも、調査件数では約15％の実地調査で、申告漏れ所得金額全体の約７割（67.5％）を把握しており、近年は実地調査を中心とした効率的な所得税調査が続いている。
国税庁が21日に公表した2009事務年度の個人事業者に対する所得税調査状況によると、今年６月までの１年間の所得税調査は、前年度に比べ8.1％減の67万４千件に対して行われ、うち62.2％にあたる41万９千件から同5.3％減の8670億円の申告漏れ所得を見つけた。追徴税額は同3.5％減の1174億円だった。１件あたりの平均では129万円の申告漏れに対し17万円を追徴している。
実地調査における特別調査・一般調査（高額・悪質な不正計算が見込まれるものを対象に行う深度ある調査）は、前年度比6.4％減の５万６千件だったが、うち87.0％にあたる４万９千件から同7.3％減の総額4959億円の申告漏れ所得を見つけ、同4.1％減の964億円を追徴。件数では全体の8.4％に過ぎないが、申告漏れ所得金額全体の６割近くを占めた。調査１件あたりの申告漏れは、879万円と、全体の平均129万円を大きく上回る。
また、実地調査に含まれる着眼調査（資料情報や事業実態の解明を通じて行う短期間の調査）は、調査件数全体の6.8％の４万６千件行われ、うち67.6％の３万１千件から894億円の申告漏れを見つけ、56億円を追徴した。１件あたり平均申告漏れは196万円。一方、簡易な接触は、57万１千件行われ、うち59.4％の33万９千件から2817億円の申告漏れを見つけ154億円を追徴。１件あたりの平均申告漏れは49万円だった。
このように、実地調査では、全体の約15％の調査件数で申告漏れ全体の約７割を把握しており、高額・悪質な事案を優先して深度ある調査を的確に実施する一方、短期間で申告漏れ所得等の把握を行う効率的・効果的な所得税調査が実施されている。なお、業種別１件あたりの申告漏れ所得高額業種は、「キャバレー」（2545万円）がトップ、「風俗業」（2264万円）、「くず金卸売業」（1926万円）がワースト３。