国税庁は１日、６月11日付けで「法人課税部門における書面添付制度の運用に当たっての基本的な考え方及び事務手続等について」の一部改正について（事務運営指針）を発遣したことを明らかにした。法人税（法人課税部門）に加え、所得税（個人課税部門）、調査課、資産税事務、酒税についても同文の運営指針を発遣している。同庁では、７月１日以降の書面添付制度の運用から適用を始めている。
書面添付制度運用の一部改正の趣旨について同庁では「書面添付制度の普及策の一つとして、意見聴取を行った結果、調査の必要性がないと認められた場合に、税務代理権限証書を提出している税理士等に対し『現時点では調査に移行しない』旨を原則として書面により通知することとしているが、今般、意見聴取を行った結果、調査に移行する場合の手順について新たに定めるものである」としている。
具体的には、各運営指針に「調査に移行する場合」を新設。内容は、「意見聴取を行った結果、調査の必要があると認められた場合には、納税者に対する事前通知を行う前に、税理士等に対し意見聴取結果の連絡と『調査に移行する』旨の連絡を口頭（電話）により行う。なお、この場合において、税理士等に対する意見聴取結果の連絡と併せて税理士等に対する事前通知を行うこととしても差し支えない」というもの。
これまで、意見聴取を行った結果、調査の必要がないと認められた場合に、税理士等に対し「現時点では調査に移行しない」旨の連絡を口頭（電話）若しくは書面により通知することとこととされていた。しかし、同庁と税理士会等との意見交換の結果、意見聴取の結果で調査に移行することとなった場合についても、その手順を明快にしておくべきとの観点から、運営指針の改正に至った。
法人課税部門の事務運営指針「新旧対照表」は↓
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/jimu-unei/hojin/kaisei/100611_2/pdf/01.pdf