特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例等は、居住者等が特定口座を開設し、その特定口座内の上場株式等を譲渡したことによる譲渡所得等の金額については、特定口座外で譲渡した他の株式等の譲渡による所得と区分して計算する制度。この特定口座に受け入れることができる上場株式等の範囲に、非上場会社の株主に対して合併・分割・株式交換・株式移転により交付された既上場会社の株式が追加されている。
具体的には、上場株式等以外の株式等を発行した法人の(1)合併（その法人の株主等に合併法人株式または合併親法人株式のいずれか一方のみの交付がされるものに限る）によりその株主が取得する合併法人株式または合併親法人株式、(2)分割（その分割法人の株主等に分割承継法人または株式分割承継親法人株式のいずれか一方のみの交付がされるものに限る）によりその株主が取得する分割承継法人株式または分割承継親法人株式。
さらに、上場株式等以外の株式等を発行した法人の(3)株式交換（その法人の株主等に株式交換完全親法人株式またはその親法人の株式のいずれか一方のみの交付がされるものに限る）によりその株主が取得する株式交換完全親法人株式若しくはその親法人の株式またはその法人の株式移転（その法人の株主に株式移転完全親法人株式のみの交付がされるものに限る）によりその株主が取得する株式移転完全親法人株式、が該当する。
適用関係は、いずれも2010年４月１日以後に「法人の合併により取得する合併法人の株式若しくは出資または合併親法人株式」、「法人の分割により取得する分割承継法人の株式若しくは分割承継親法人株式」、「株式交換により取得する株式交換完全親法人の株式若しくは親法人の株式または株式移転により取得する株式移転完全親法人の株式」について適用される。