認定長期優良住宅（いわゆる「200年住宅」）については、ローンを組まない場合でも、2009年６月４日から2011年12月31日までに入居した場合は、一定の要件を満たせば、その居住の用に供した年分（合計所得金額が3000万円超の年は除く）の所得税額から、新築等に係る標準的な費用相当額（最大1000万円）の10％相当額を特別控除できる。また、その年分の所得税額から控除しきれない場合には、翌年分の所得税額から控除する。
この認定長期優良住宅新築等特別税額控除は、その居住年の所得税額から控除できるほか、(1)居住年の所得税額から税額控除限度額を控除してもなお控除しきれない金額を有する場合、(2)居住年においてその確定申告書を提出すべき場合及び提出することができる場合のいずれにも該当しない場合、には、その居住年の翌年分の所得税額から控除できることとされている（居住年の翌年の所得税額を限度とする：「控除未済税額控除額」）。
例えば(2)の場合、2009年９月に認定長期優良住宅を新築し居住の用に供したが、2009年分の所得税額がなかったときは、2010年分において控除することができる。(2)の適用を受ける場合には、その金額に関する明細書及び居住した年に同特別控除を適用する際に必要となる登記事項証明書や工事請負契約書の写し、住民票の写し、長期優良住宅建築等計画の認定通知書の写し、住宅用家屋証明書などの書類の添付が必要になる。
また、上記(1)の適用を受ける場合には、控除未済税額控除額の控除の適用を受けようとする年分の確定申告書に、控除未済税額控除額の控除を受ける金額についてのその控除に関する記載及びその金額に関する明細書（「認定長期優良住宅新築等特別税額控除額の計算明細書」を使用する）を添付する必要がある。