2010年度税制改正における証券税制関連では、少額の上場株式等投資のための非課税措置（「日本版ＩＳＡ」）や新たな生命保険料控除制度の法制化などが盛り込まれている。日本版ＩＳＡは、上場株式や上場投資信託（ＦＴＦ）などへの投資から生ずる配当や譲渡益を一定要件のもとで非課税とするもの。現行の上場株式等に係る配当所得、譲渡所得の軽減税率10％が20％の本則税率に戻る2012年１月１日から導入する。
日本版ＩＳＡの対象となるのは2012年～2014年までの３年間に投資した分で、年間の新規投資額100万円（３年間で300万円）以下の投資から生ずる配当や譲渡益を最長10年間にわたり非課税とする。非課税措置を受けるためには、証券会社などに新たに非課税口座を開設する必要がある。20歳以上の個人１人につき年間１口座（毎年異なる金融機関に口座を開設できる）しか開設できない。
また、新たな生命保険料控除制度の法制化については、2012年１月１日以後に締結した保険契約等に係る生命保険料控除のうち、介護・医療保障を内容とする主契約または特約について、国税４万円、地方税2.8万円の「介護医療保険料控除」を一般生命保険料控除と別枠で設ける。一般生命保険料控除及び個人年金保険料控除の所得控除適用限度額は、それぞれ国税４万円（現行５万円）、地方税2.8万円（同3.5万円）とする。
その他では、金融商品間の損益通算の範囲拡充に向け、2011年度税制改正において、公社債の利子及び譲渡所得に対する課税方式を申告分離課税とする方向での見直しや、非居住者等が受ける2013年３月31日までに発行された振替社債等の利子及び償還差益（償還価額と取得価額との差額）の非課税化、現行の煩雑な振替公社債利子等の非課税手続きの大幅な簡素化、民間国外債等の利子等に係る特例の恒久化などが検討される。